COVID: наскільки ми повинні турбуватися про нову лінію коронавірусу AY.4.2?
Цікава стаття вийшла на незалежному порталі The CONVERSATION, що публікує матеріали дослідницьких і академічних товариств.
AY.4.2 – Це мітки, надані гілкам еволюційного дерева COVID, щоб проілюструвати їх спорідненість. За ними наглядає старанна мережа Pango* , спільна команда дослідників з Единбурзького та Оксфордського університетів.
Якщо повернутися до квітня цього року, то можна простежити походження AY.4.2. Команда спеціалістів в Нортумбрії, яка працює як частина Cog-UK** – британського консорціуму, секвенувала два зразки, пов’язані через історію подорожей до Індії.
В той час в Індії циркулював рід B.1.617, але в зразках, які досліджувались, були відсутні деякі загальноприйняті мутації B.1.617, але і були деякі додаткові. Це було класифіковано як B.1.617.2, одна з трьох основних підліній B.1.617, і яку пізніше Всесвітня організація охорони здоров’я назвала дельтою .
AY – це ще один еволюційний крок вперед. Таким чином, форми вірусу AY не суттєво відрізняються від тих, що були раніше, хоча їх маркування відрізняється. Усі вони є підлініями дельти.
Зараз ідентифіковано 75 ліній AY, кожна з яких має різні додаткові визначальні мутації в їх геномі. Одна з них – AY.4 – постійно зростає у Великій Британії протягом останніх кількох місяців, що становить 63% нових випадків у Великобританії за останні 28 днів .
Чи є перевага AY.4?
Увчених немає впевненості, чи дають мутації AY.4 справжню перевагу, чи збільшення частоти лінії зв’язане просто з так званим «ефектом засновника» . Це коли підмножина вірусів відокремлюється від загальної вірусної популяції, а потім розмножується ізольовано. Тому в області, де знаходяться відокремлені віруси, усі наступні віруси будуть нащадками цієї підмножини.
AY.4 визначається двома додатковими генетичними мутаціями, Y145H і A222V, які впливають на білок шипів, які є ключовою частиною зовнішньої поверхні вірусу та є частиною її структури , що вона використовує , щоб проникнути всередину клітини. Але неясно, чи ці дві його мутації дають вірусу селективну перевагу.
Ця мутація знаходиться всередині «антигенного суперсайту» шипа білка – частини білка, який антитіла часто розпізнають і націлені на нього. Ми знаємо, що ця частина білка спайка вже була модифікована раніше мутацією в генетичному матеріалі дельта, і що це, можливо, сприяє більшій здатності дельти уникнути імунітету, оскільки в результаті антитілам важче націлюватися на нього.
Цілком можливо, що мутація Y145H може дати вірусу ще більшу здатність уникнути імунітету, зробивши цей суперсайт менш впізнаваним для антитіл.
Обсяг AY.4.2 неухильно зростає, і зараз на нього припадає близько 9% випадків у Великобританії за останні 28 днів . Це також спостерігалося в кількох європейських країнах: Данії, Німеччині та Ірландії
Справді, поки рано говорити, чи це початок наступної домінантної лінії. Будь-яку здатність уникнути імунітету має бути підтверджена експериментальною роботою. Однак очевидно, що його поява показує, що існує постійна потреба в геномному нагляді за вірусом.
* Динамічна номенклатура Pango — це система для ідентифікації генетичних ліній SARS-CoV-2, що мають епідеміологічне значення.
Номенклатура Pango використовується дослідниками та агенціями охорони здоров’я по всьому світу для відстеження передачі та поширення SARS-CoV-2, включаючи варіанти, що викликають занепокоєння.
** Британський консорціум з геноміки COVID-19
COG-UK є піонером у використанні широкомасштабного швидкого секвенування всього геному SARS-CoV-2, вірусу, що спричиняє пандемію COVID-19, щоб зрозуміти передачу вірусу та еволюцію, а також інформувати про реакцію громадського здоров’я та вакцину.
